Beratus-ratus tahun Papua masuk dalam wilayah Kesultanan Tidore.Kesultanan Tidore  memainkan peranan yang cukup signifikan dalam sejarah Papua  termasuk membangun kepercayaan masayarakat Papua untuk tetap teguh membela kedaulatan Kesultanan Tidore, meskipun kolonial Belanda dan Inggris terus berupaya memecah kesatuan wilayah yang ada. Meskipun pada akhirnya banyak wilayah kesultanan Tidore yang lepas, namun fakta bahwa kedaulatan tersebut pernah ada telah cukup menjadi dasar dan alasan Papua menjadi bagian dari Nusantara karena sudah sangat jelas Sultan Tidore sebagai penguasa sah Papua telah menyatakan bergabung ke NKRI. 

Sultan-sultan Tidore berperan penting dalam ekaistensi Papua:

1. Sultan Cirilyati alias Muhammad Nakil Tahun 1110.

Jasa besar Sultan Cirilyati adalah memberikan nama Papua yang saat ini tetap dipergunakan . Ia juga menerapkan sistem kepemimpinan di Papua. 

2 Sultan Ibnu Mansur 1512.

Menerapkan sistem otonomi khusus ala Tidore di Papua.

3. Sultan Saifuddin.

Prsetasi terbesar Sultan Saifuddin adalah memaksakan Spelman mewakili VOC pada tanggal 27 Maret 1667 menandatangani pengakuan wilayah Kesultanan Tidore atas Papua (baik Irian Barat maupun Papua Nugine)

4. Sultan Nuku

a. Menerapkan konsep keutuhan Wilayah, sehingga pada Bulan Januari 1871  rakyat Papua dan Seram melantik Nuku sebagai Sultan Papua dan Seram 

b. Menerapkan konsep wajib bela Negara. Hasilnya Rakyat Papua bahu membahu bersama Nuku mengusir Belanda dari Tidore dan memaksakan Gubernur Budac di Ternate takluk lewat serangan umum Tidore –Papua .

c. Menerapkan konsep satu dalam keragaman dan mempermantapkan otonomi khusus di Papua 

5. Sultan Zainal Abidin

Daingkat oleh Pemerintah R.I sebagai gubernur Irian Barat pertama dan berkedudukan di Tidore pada tahun 1956 dengan tugas utama mengembalikan Irian Barat ke pangkuan NKRI lewat klaim historis.

Jadi masihkah ingin terpecah lagi?